Η ποιότητα των νερών κολύμβησης στις ακτές της Ελλάδας παρακολουθείται συστηματικά από το 1988, στο πλαίσιο του «Προγράμματος παρακολούθησης ποιότητας νερών κολύμβησης στις ακτές της Ελλάδας», αρχικά σύμφωνα με την Οδηγία 76/160/ΕΟΚ «περί της ποιότητας υδάτων κολύμβησης» και στη συνέχεια σύμφωνα με τις απαιτήσεις της Οδηγίας 2006/7/ΕΚ “σχετικά με τη διαχείριση της ποιότητας των υδάτων κολύμβησης”, η οποία υιοθέτησε νέους μικροβιολογικούς δείκτες και με την οποία εναρμονίστηκε η Ελληνική νομοθεσία με την ΚΥΑ 8600/416/Ε103/2009 (ΦΕΚ 356/Β/26-2-2009).

Στόχος του Προγράμματος είναι η προστασία, η διατήρηση και η βελτίωση της ποιότητας των υδάτων κολύμβησης και η προστασία της δημόσιας υγείας των λουομένων, η έγκαιρη λήψη κατάλληλων διαχειριστικών μέτρων σε περιπτώσεις απροσδόκητων καταστάσεων που επηρεάζουν ή αναμένεται ευλόγως ότι θα επηρεάσουν αρνητικά την ποιότητα των υδάτων κολύμβησης, η ενημέρωση του κοινού και γενικότερα η συμμόρφωση με την Οδηγία 2006/7/ΕΚ.

Το “Πρόγραμμα” επαναλαμβάνεται κάθε έτος κατά τη διάρκεια της κολυμβητικής περιόδου, από το Μάιο έως τον Οκτώβρη και τα αποτελέσματά του καθώς και η ετήσια έκθεση παρακολούθησης κοινοποιούνται στην Ευρωπαϊκή Ένωση.

Παρακολουθούνται κυρίως οι ακτές που συγκεντρώνουν σημαντικό αριθμό λουομένων, οι ακτές που παρουσιάζουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον από κάθε άποψη (αναπτυξιακό, αισθητικό, τουριστικό περιβαλλοντικό κ.λ.π.) και αυτές που δέχονται έντονες περιβαλλοντικές πιέσεις. Στις συστηματικά παρακολουθούμενες ακτές γίνονται δειγματοληψίες και εργαστηριακές αναλύσεις των υδάτων καθώς και μακροσκοπικός έλεγχος του νερού και της ακτής γενικότερα.

Η επιλογή των παρακολουθούμενων περιοχών και σημείων δειγματοληψίας έχει γίνει από την Ειδική Γραμματεία Υδάτων (Ε.Γ.Υ.) του Υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας (Υ.Π.Ε.Ν.), σε συνεργασία με τις Κεντρικές και Περιφερειακές συναρμόδιες Υπηρεσίες της χώρας. Τα αναλυτικά αποτελέσματα του προγράμματος παρακολούθησης μέχρι το 2015 και οι ετήσιες εκθέσεις της Ε.Γ.Υ. είναι διαθέσιμα στην ιστοσελίδα: Μητρώο ταυτοτήτων υδάτων κολύμβησης της Ελλάδας.